組培室的設計應該考慮想要生產的品種，這點大家往往并不是很重視。很多人以為建設一個組培室，將來是可以生產很多甚至是所有的任何植物品種。這是常見的誤區。其實不同植物的品種其組培性也是不同的，培養周期是不同的，培養條件也是不同的。不根據品種性而盲目的設計會對將來的空間利用、生產效率、環境控制以及生產成本等造成難以估量的影響。其次還要考慮生產的目的，是快速擴繁?還是種苗脫毒?是銷售瓶苗、半成苗還是銷售成苗?這些都需要在設計階段充分考慮，不同的目的對于組培工廠的布局設計也是不同的。再者就是產能，結合品種、市場、自身條件設定目標產能，根據產能確定組培工廠的規模。

　　

　　無論實驗室的性質和規模如何，實驗室設置的基本原則是：科學、、經濟和實用。一個組織培養實驗室必須滿足3個基本的需要：實驗準備（培養基制備、器皿洗滌、培養基和培養器皿滅菌）、無菌操作和控制培養。此外，還可根據從事的實驗要求來考慮輔助實驗室及其各種附加設施，使實驗室更加完善。

　　

　　在進行植物組織培養工作之前，首先應對工作中需要哪些基本的設備條件有個全面的了解，以便因地制宜地利用現有房屋，或新建、改建實驗室。實驗室的大小取決于工作的目的和規模。以工廠化生產為目的，實驗室規模太小，則會限制生產，影響效率。在設計組織培養實驗室時，應按組織培養程序來設計，避免某些環節倒排，引起日后工作混亂。植物組織培養是在嚴格無菌的條件下進行的。要做到無菌的條件，需要一定的設備、器材和用具，同時還需要人工控制溫度、光照、濕度等培養條件。

　　

　　組培過程中的污染是任何組培工廠都不能回避的問題。因此無論規模大小與否，都應該建立相應的潔凈控制區。當然不同的規模、不同的投資可以選擇不同的方式(管道式通風凈化處理、移動式自行凈化處理、FFU式區域凈化處理、新風換氣式凈化處理、……)

　　

　　根據組培工廠的規模設計相應的暖通布局，暖通設計，其實主要考慮的空調制冷和溫度的均勻度，培養室是重點。規模大的、能夠快速進入規�；�生產的可以考慮集中式中央空調設計。但是對于小規模、且目標不明確或者說不能快速進入生產狀態的組培工廠通常建議使用分體式空調設計，這樣在前期的生產過程中，運營成本會降低很多。